彦根総合高校の校歌は、彦根技芸専門学校・彦根女子高で歌い継がれた校歌の音楽をそのまま使用しています。（歌詞は男女共学の彦根総合高校になる際に、一部編詩されました）
卒業生の皆さんにとっても、懐かしいメロディではないでしょうか。
校 歌
堀井一枝 作詞
林 常彦 補作
辻 武夫 作曲
一 萌（も）ゆる若木に 望みをかけて
松風清（さや）かに 久遠（くおん）の教え
自ら治め 弛（たゆ）まねば
学びし業の 豊けく栄えん
古城の土 彦根に文みて
のびよ 生命（いのち）よ 育（はぐく）みゆかん
二 精神（こころ）し則（のっと）る 礎（いしず）え直く
明朗 英智 親和の教え
ゆくて大らに はばたきて
睦み修めん 力の泉
古城の土 彦根に踏みて
のびよ 生命よ 育みゆかん